Sóttvarnalæknir ber ábyrgð á viðbúnaði gegn vá af völdum smitsjúkdóma, eiturefna, geislavirkra efna og óvæntra aburða sem ógna heilsu manna.
Sóttvarnalæknir ber ábyrgð á viðbúnaði gegn heimsfaraldri inflúensu og vinnur náið með almannavarnadeild ríkislögreglustjóra að viðbúnaði. Viðbragðsáætlun vegna heimsfaraldurs inflúensu var unnin árin 2005 – 2008. Þegar heimsfaraldur inflúensu skall á árið 2009 var unnið markvisst eftir viðbragðsáætluninni með það að markmiði að draga úr alvarlegum afleiðingum á heilsufar og samfélag.
Í eldgosum hefur sóttvarnalæknir varað við áhrifum gosefna í andrúmsloftið, sem geta haft áhrif á heilsu manna.