Almannavarnadeildin  sinnir ýmsum verkefnum í samvinnu við heilbrigðisstarfsmenn.   Hluti áhafnar  Samhæfingarstöðvar er mönnuð  heilbrigðisstarfsmönnum og ber almannavarnadeildin ábyrgð á þjálfun þeirra.   Einnig ber almannavarnadeildin ábyrgð á þjálfun og gerð fræðsluefnis vegna stórslysa af ýmsum toga og  eru heilbrigðisstarfsmenn í hópi viðbragðsaðila.

Gerð viðbragðsáætlana er varða heilbrigðisgeirann er hluti af verkefnum almannavarnadeildar og hafa þrjár áætlanir verið gerðar í samvinnu við Sóttvarnalækni og viðbragðsaðila. Hægt er að nálgast viðbragðsáætlanir heilbrigðisgeirans í útgefnu efni

  • Landsáætlun vegna inflúensufaraldurs segir fyrir um skipulag og stjórn aðgerða þegar heimsfaraldur inflúensu verður á landinu. Vinnan við landsáætlun var unnin með hagsmunaðilum, fyrirtækjum og stofnunum landsins með það markmið að draga úr félagslegum og efnahagslegum áhrifum og afleiðingum heimsfaraldurs á samfálagið.
  • Landsáætlun vegna heimsfaraldurs segir fyrir um skipulag og stjórn aðgerða vegna hvers kyns heimsfaraldurs og er markmið áætlunarinnar að tryggja skipulögð og samhæfð viðbrögð aðila sem hlut eiga að máli þegar til heimsfaraldurs kemur
  • Viðbragðsáætlun fyrir sóttvarnir á alþjóðaflugvöllumViðbragðsáætlanir vegna sóttvarna eru gerðar með það markmið að koma í veg fyrir eða tefja útbreiðslu sjúkdóma milli landa og eru gerðar fyrir alþjóðaflugvelli.
  • Sóttvarnaáætlun hafna og skipa, landsáætlun.
    Viðbragðsáætluninni segir til um skipulag og stjórn aðgerða í sóttvarnaaðgerðum þegar um borð í skipi vaknar grunur um atvik sem ógnað getur lýðheilsu. Skipið getur verið á leið til hafnar, staðsett í höfn eða á leið frá landinu eftir dvöl í íslenskri höfn. Viðbragðsáætlanir vegna sóttvarna eru gerðar fyrir þær hafnir landsins sem sinna alþjóðlegum skipakomum en mikilvægt er að aðgerðir sem grípa þarf til, valdi ekki ónauðsynlegri röskun á umferð og viðskiptum.Áætlunin nær til allra skipa nema herskipa og annarra skipa í opinberri eigu.
    Landsáætlun CBRNEÁætluninni er gert að segja fyrir um skipulag og stjórn aðgerða þegar grunur vaknar um atvik af völdum eiturefna, sýkla (veira, baktería, sveppa, sníkjudýra) geislunar, kjarnorku eða sprengiefna, sem álta má að geti leitt til lýðheilsuógnar. Um er að ræða samræmt verklag fyrir landið allt, loftrými þess og lögsögu í hafi.

Eins má nefna að sjúkrahús og heilbrigðisstofnanir vinna sínar viðbragðsáætlanir í samvinnu við almannavarnadeildina og hefur verið útbúið sniðmát fyrir viðbragðsáætlanir heilbrigðisstofnanna. Hægt er að nálgast efni um heilbrigðismál undir liðnum útgefið efni.